但1525年宗教改革運動初期，路德在德國對農民戰爭的回應表明，他認為一個世俗化政治的理論不一定能成為和平與民主的力量。反抗德國貴族集權政策的農民——他們被剝奪了一向的權利——正被政府殘忍的屠殺。路德認為，他們犯了把宗教和政治混為一談的大忌：苦難是命不由己，他們應把另一邊臉也轉過來，接受他們生活的失意和財產的損失。“一個世俗國家，”他堅持說，“沒有人與人之間的不平等，世俗的國家就無法存在。有人自由，就有人深陷囹圄;有人高高在上，就有人為奴為婢。”因此，路德告訴君王們，“讓每一個力所能及的，不管月黑風高還是光天化日，都高舉戰旗，奮勇殺敵，鋌刺戮賊，都要記住，沒有什么比背叛更陰毒、更貽害、更邪惡。”
自由國家的曙光
到了17世紀末，哲學家們設想到一種更溫文爾雅的世俗理想。洛克認為，“教會與國家絕對區別，其邊界固定不變，不可改易”，這是不言而喻的。他還認為，政教分離——“完全地、極其地相互迥異”——是事物的本質。但自由國家是一種激進的革新，其革命性如同自西方一產生就迅速席卷全球的市場經濟。由于宗教所引起的狂熱的激情，洛克堅持認為，政教分離對于創造和平社會“極其必要”。
因此，洛克堅持認為自由國家既不能容忍天主教徒，也不能容忍穆斯林，他譴責政治與宗教混雜不清是危險而有害的。洛克是天賦人權理論的主要提倡者，文藝復興時期的人文主義先驅，率先為美國《獨立宣言》初稿中的生命、自由和財產賦予定義。但是，政教分離論出現在歐洲最初殖民新大陸的時期，這對于西方對殖民地的看法引起了相當大的影響——正如在當代，盛行的世俗理論將穆斯林社會不能實現政教分離視為不可救藥的過錯。
這引出了一個矛盾，因為對文藝復興時期的人文主義者而言，并不存在將這些自然權利擴展到新世界原住民的問題。事實上，這些人可能因未符合歐洲標準而正大光明地受到懲罰。16世紀，牛津大學法學教授阿爾貝里科·貞提利主張，沒有被農業開發的土地，應被視為“無主之地”，就像在歐洲，“占用(這類)空置土地”應當“視為自然常理”一樣。洛克認為，原住民沒有生命、自由或財產權利。他判定，美洲的“國王”，不具有對自己領地的合法權利。他還贊同奴隸主對奴隸擁有“絕對的、任意的、獨裁的權力”，這包括“隨時讓奴隸去死的權力”。世俗主義的先驅似乎和他們的宗教前輩一樣，陷入了同樣的陳腔濫調。世俗主義的目的是要創造一個和平的世界秩序，但教會是如此錯綜復雜地糾纏在經濟、政治和社會文化結構中，這使得世俗秩序的建立只能依靠暴力的方法。在北美，沒有根深蒂固的貴族政府，各教會的政教分離可以實現得相對容易。但在法??國，教會只能經由奇襲和突擊來瓦解;宗教和政治的分離是一個滿布瘡痍的、令人恐怖的過程，而絕非是一種自然而然的、循序漸進的演變。
法國大革命時期，國民制憲議會于1789年11月2日召開的首項舉措，就是要沒收所有教會財產來償還國債：政教分離還意味著剝奪、屈辱和邊緣化。這在1792年九月大屠殺中延續為徹底的暴力事件，暴民攻陷巴黎的監獄，對兩三千名囚犯大肆屠殺，他們中的許多人都是牧師。1794年初，四支革命軍從巴黎出發前往旺代省，平息抗議政府反天主教政策的起義。他們收到的指令是要不遺余力地鎮壓暴動的農民。據傳，當戰斗結束時，弗朗索瓦·約瑟夫·韋斯特曼致信其長官道：“旺代省不復存焉。我們的鐵蹄踐踏著幼孩的尸骨，我們的長槍刺穿婦女的胸膛……道滿殘骸，尸橫遍野。”
諷刺的是，革命者剛剛擺脫了一個信仰，就又發明了另一個。他們新的上帝是自由、自然與法蘭西民族，他們在精心籌劃的節日里跳起藝術家雅克·路易·大衛編排的舞蹈，來表達對新信仰的敬奉。同年，理性的女神登上巴黎圣母院高聳的祭壇，而恐怖統治使這個新生的民族國家籠罩在一片腥風血雨之中，有近17000男人、女人、小孩被政府執行死刑。
為國捐軀
當拿破侖的軍隊在1807年侵入普魯士，哲學家約翰·戈特利布·費希特同樣呼吁他的同胞為祖國舍身忘死——這是崇高精神的偉大體現，是日耳曼民族神圣本性的集中展示。如果我們把時刻準備為之犧牲的東西定義為信仰，那么正是這個被本尼迪克特·安德森稱之為“想象的共同體”的“民族”取代了上帝。于是如今，為國赴死受萬代歌頌，而為宗教信仰犧牲則不然。
隨著19世紀以來民族國家伴隨工業革命蒸蒸日上，她的人民已經更加緊密的聯系起來，并且能為工業生產而更好的組織動員。現代通信技術幫助政府建立和傳播民族氣質與國家精神，并且使得國家政治前所未有的滲入到了人民大眾的生活中。即使他們與統治者講不同的語言，現在，無論他們喜歡與否，國民屬于“國家”。約翰·斯圖亞特·穆勒把這種國家強制力的整合看成是一種進步。他認為，這對布列塔尼人②來說無疑是有益的，“落后時代的半野蠻遺民”成為法國公民，自然好過“固步自封，抱守向隅之憾”。但到19世紀后期，英國歷史學家阿克頓勛爵擔心民族精神過分強調民族淵源、文化和語言，將會使那些與國家基調不相吻合的族群處于不利地位：“所以，根據人性和文明的發展程度，優勢群體會因此要求全部的社會權利，而弱勢群體會被消滅或淪為奴役，置于一種依賴性地位。”
把促進人類平等、民主、人權、理性、政治自由、現代世俗理想同“宗教”聯系起來的想法，被啟蒙思想家們反斥為褊狹和頑固，而這種想法在過去的宗教表述中曾得到發揚。但是，農業國家的結構性不公，使人們無法充分落實這些理想。民族國家使這些崇高的理想有了實現的可能性。越來越多的人不得不參與到生產過程中去，并且或多或少被提出了教育要求。最終，他們提出參與政府決策的權利要求。反復試驗之后，人們發現那些推動民主化進程的國家經濟穩步向前，而那些拒絕走現代化之路登凌絕頂的國家則落于人后。要進步，就要創新，所以人民得到了思想解放，不受等級、行業或宗教信仰的約束。政府需要充分開發所有的人力資源，即使是諸如歐洲的新教徒、英美的天主教徒這樣的“外人”，也被允許進入社會主流。
然而這種寬容只是十分表面的，正如阿克頓勛爵所預言的，對種族和文化的少數群體的狹隘主義將會成為民族國家的軟肋。事實上，少數族群將取代異端(經常性挑戰社會秩序的群體)成為新生的民族國家所不滿的對象。托馬斯·杰斐遜，啟蒙運動在美國的主要支持者之一，在1807年指示他的戰爭部長，美洲土著人是“落后的民族”，要么被“消滅”，要么被驅逐，到“連我們也鞭長莫及” 的密西西比河彼岸，與森林野獸為伍。次年，拿破侖頒布了“臭名昭著的法令”，命令法國的猶太人取法國名字，瓦解其宗教信仰③，并確保每個家庭至少有三分之一的婚姻是與非猶太人舉行的。隨著民族情感成為最高價值，猶太人逐漸變得無家可歸、四海漂泊。到19世紀后期，歐洲出現了反猶太主義大爆炸，這無疑是源自幾個世紀以來的基督教偏見，只不過給了它一個科學上的理論基礎——他們鼓噪猶太人不符合優秀人種生物和遺傳圖譜，所以應當像現代醫學中鏟除癌癥一樣將之從人民國家中驅逐出去。
政教分離論在第三世界興起時，一如其最初在歐洲所經歷的一樣，也遭到了深刻的打擊。因為它通常與殖民統治相攜而來，所以常被看做外來的、邪惡的東西而遭到抵制。在世俗政府已經確立了政教分離目標的地區，宗教以反文化潮流為回應，決心要使宗教力量重返世俗生活。我們稱之為“原教旨主義”的運動與殘酷、暴力、擴張的政教分離運動一直處于一種共生關系之中。積極進攻的世俗主義屢屢迫使宗教作出暴力反擊。我研究了猶太教、基督教和伊斯蘭教的每一個原教旨主義運動，其根源無不在于對被湮滅的深刻恐懼，他們相信，自由主義或世俗主義的建立將會摧毀他們的生存方式。這在中東有著悲慘的昭示。
很多時候，現代化的統治者都在展現著政教分離最糟糕的一面，并且使得他們的國民心生不滿。穆斯塔法·凱末爾，于1918年創立了世俗主義的土耳其共和國。作為一個開明的穆斯林領袖，凱末爾常常受到西方的歡迎;但在中東，對于許多人來說，他是世俗民族主義殘酷性的集中體現。他痛恨伊斯蘭教，將其描述為一個“腐爛的尸體”。在土耳其，他宣布取締蘇菲派教團，沒收他們的財產，關閉穆斯林學校并將其所得收歸國有。他還廢除了人們敬愛的哈里發制度，雖然哈里發在政治上形同虛設，但卻被視為與先知穆罕默德的紐帶。對于諸如基地組織和ISIS等組織，顛覆這一現實已成為首要目標。
凱末爾還繼續開展了從前奧斯曼帝國蘇丹的種族清洗政策;為了控制不斷壯大的商業階層，他有條不紊地驅逐了亞美尼亞人和講希臘語的基督徒，這些人占了資產階級的90%。1909年奪取政權的青年土耳其黨人，擁護奧古斯特·孔德的反宗教實證主義，并決心建立一個純粹的突厥語國家。一戰期間，約有一百萬亞美尼亞人在20世紀第一起種族滅絕案中被殘忍屠殺：男人和青年被當場殺害，女人、小孩和老人則被遣往沙漠，他們或被絞死，或被槍殺，或成餓殍，或遭毒害，或窒息而亡，或活埋而死。有“死刑總督”之稱的穆罕默德·雷希德，顯然是被新科學激發了靈感，他把亞美尼亞人稱作“祖國母親乳房”里“危險的微生物”。凱末爾完成了此次種族清洗。幾個世紀以來，穆斯林和基督徒共同生活在愛琴海的兩岸;凱末爾卻要劃清界限，把希臘基督徒從如今的土耳其領地逐回希臘，而在希臘的操突厥語的穆斯林則被以某種方式遣回。
